Pracownia Nematologii
Pracownia Nematologii
Skład pracowni:
dr Grażyna Winiszewska (kierownik)
dr inż. Katarzyna Rybarczyk-Mydłowska
mgr Łukasz Flis
mgr Magdalena Kubicz
mgr Grzegorz Sikora
dr Ewa Dmowska (współpracownik)
Tematyka badawcza
Ze względu na rolę jaką nicienie odgrywają w środowisku i w gospodarce, nematologia - mimo że na świecie uprawia ją stosunkowo nieliczna grupa badaczy - należy do dyscyplin o ugruntowanym znaczeniu naukowym i dynamicznie się rozwijających. Dyscyplina ta obok nietracących na znaczeniu badań morfologicznych nieustannie posiłkuje się najnowszymi technologiami biologii molekularnej.
Badania przez nas prowadzone dotyczą nicieni wolnożyjących i pasożytów roślin należących do Tylenchida, Mononchida, Triplonchida, Dorylaimida i obejmują między innymi:
1. badania nad bioróżnorodnością, ekologią, biologią oraz zmiennością morfologiczną i genetyczną nicieni wolnożyjących i pasożytów roślin,
2. badania nad filogenezą i klasyfikacją nicieni, odkrywaniem nowych cech/metod pozwalających na dokładniejszą identyfikację i opisywanie badanych taksonów.
Działania badawcze pracowni łączą tradycyjne metody taksonomiczne z technikami molekularnymi, co pozwala na stosunkowo szybkie i sprawne przeprowadzanie kompleksowych analiz badanych gatunków. Opracowywany materiał pochodzi z różnych regionów świata (m.in. z Wysp Zielonego Przylądka, Wietnamu, Maroka).
Powstające w pracowni opracowania systematyczne, monografie, rewizje, wykazy i katalogi są niezbędne dla dalszych badań systematycznych, filogenetycznych, ewolucyjnych i zoogeograficznych; mogą być też wykorzystywane w biologicznych naukach stosowanych: w rolnictwie, sadownictwie, kwarantannie, medycynie, ochronie gatunkowej i siedliskowej, w badaniach bioróżnorodności i określaniu przyrodniczych obszarów szczególnie cennych.
Wyniki prowadzonych badań mogą być również wykorzystane bezpośrednio w praktyce co stanowi pomost pomiędzy placówką naukową, a przedsiębiorcami działającymi w działach gospodarki związanych z uprawą roślin, grzybów jadalnych, gospodarką leśną i przechowalnictwem.
Prowadzimy także praktyki studenckie, kursy i szkolenia nematologiczne, podczas których przedstawiamy takie zagadnienia jak:
1. metodyka pozyskiwania nicieni z gleby i roślin
2. metodyka konserwacji i preparatyki nicieni
3. morfologia i ekologia wybranych grup nicieni
4. cechy diagnostyczne, rozpoznawanie gatunków ważnych gospodarczo
5. molekularne metody identyfikacji nicieni
6. Real-Time PCR i jego potencjał w identyfikacji nicieni
7. historia i znaczenie kolekcji nematologicznych
Słowa wiodące opisujące zakres badań:
Nematologia, nicienie glebowe, gatunki wolnożyjące i pasożyty roślin, identyfikacja gatunków, biologia, bioróżnorodność, systematyka, morfologia, badania molekularne
Wykaz realizowanych projektów i grantów (2017-2022)
Projekty badawcze Narodowego Centrum Nauki (NCN)
Wpływ poziomu transkrypcji genów hsp na kondycję wybranych stadiów rozwojowych pasożyta roślin Meloidogyne hapla Chitwood, 1949 w zakresie wybranych temperatur. Projekt własny nr 2016/21/N/NZ9/03434. Wykonawca: Ł. Flis (kierownik). Okres realizacji: 2017-2022.
Opracowanie i optymalizacja metody metabarcodingu DNA do badań nad bioróżnorodnością nicieni glebowych, ze szczególnym uwzględnieniem nicieni spiralnych z rodziny Hoplolaimidae. Wniosek złożony do konkursu Miniatura 3 nr 2019/03X/NZ8/00220. Wykonawca: K. Rybarczyk-Mydłowska (kierownik). Okres realizacji: 23.10.2019–7.02.2021.
Projekty i programy międzynarodowe
Taxonomic studies on Polish and Vietnamese nematodes from genera Parkellus and Jensenonchus. Polsko-wietnamski wspólny projekt badawczy w ramach porozumienia o współpracy naukowej między PAN i Vietnam Academy of Science and Technology (VAST). Wykonawcy: G. Winiszewska (koordynator polski), Ł. Flis, K. Rybarczyk-Mydłowska oraz T. T. T. Vu (koordynator wietnamski). Okres realizacji: 2019-2020.
Investigations of the taxonomic status of Helicotylenchus digonicus Perry, 1959. SYNTHESYS+ Projekt finansowany przez European Community Research Infrastructure (H2020 Integrating Activities Programme), Numer projektu: 823827Okres realizacji: 14-20.08.2022.Wykonawca: K. Rybarczyk-Mydłowska.
Sieci i konsorcja naukowe
Integracja i mobilizacja danych o różnorodności biotycznej Eukaryota w zasobach polskich instytucji naukowych (IMBIO). Projekt realizowany w ramach konsorcjum 18 instytucji naukowych, współpracujących w Krajowej Sieci Informacji o Bioróżnorodności (KSIB). Głównym celem jest otwarcie dostępu do danych o różnorodności biologicznej organizmów jądrowych (Eukaryota), znajdujących się w zasobach instytucji partnerskich. Projekt realizowany poprzez digitalizację i udostępnienie danych nie istniejących dotąd w formie cyfrowej lub pozostających poza siecią. Wykonawcy: m.in. Ł. Flis, G. Sikora. Okres realizacji: 2020-2022.
Cyfrowy Katalog Bioróżnorodności Polski (CKBP) - wykaz gatunków występujących w Polsce realizowany w ramach Krajowej Sieci Informacji o Bioróżnorodności (KSIB), która łączy najważniejsze krajowe ośrodki naukowe związane z badaniami przyrodniczymi. Celem projektu jest zgromadzenie w jednym miejscu (pod jednym adresem www) wykazu wszystkich gatunków krajowych oraz udostępnienie go w formie dostępnej dla systemu Global Biodiversity Information Facility (GBIF). Wykaz ten jest przygotowany przez specjalistów. Całość będzie stanowić referencyjne źródło danych dla wielu celów i zastosowań - w nauce, edukacji, administracji, ochronie przyrody itp. Wykonawcy: m.in. G. Winiszewska, G. Sikora. Okres realizacji: do sierpnia 2022.
Wykaz publikacji (2017-2022)
2022
Rybarczyk-Mydłowska, K., Sikora G. and M. Kubicz. 2022. Morphological and molecular characteristics of Geocenamus longus and the first report of G. brevidens from a karst cave (Nematoda: Merliniidae Siddiqi, 1971). Zootaxa 5134 (3): 383–398. DOI: 10.11646/zootaxa.5134.3.3
Singh, P. R., van de Vossenberg, B., Rybarczyk-Mydłowska, K., Kowalewska-Groszkowska, M., Bert, W. and G. Karssen. 2022. An integrated approach for synonymization of Rotylenchus rhomboides with R. goodeyi (Nematoda: Hoplolaimidae) reveals high intraspecific mitogenomic variation. Phytopathology 112 (5): 1152–1164. DOI: 10.1094/PHYTO-08-21-0363-R
Skwiercz A.T., Zapałowska A., Flis Ł., Koc-Jurczyk J., Jurczyk Ł, Litwińczuk W., Puchalski Cz. 2022. Plant parasitic nematodes on Paulownia tomentosa in Poland. Journal of Horticultural Research 30(1): 31-40. DOI: 10.2478/johr-2022-0010
Winiszewska G., Klasa A. 2022 (2021). Nematoda (nicienie). W: Klasa A. (red.). Katalog fauny Ojcowskiego Parku Narodowego. Ojcowski Park Narodowy, Ojców, ISBN 83-60377-36-7, 1: 23-25.
2021
Ali N, Tavoillot J., Martiny B., Fossati-Gaschignard O., Plas S., Dmowska E, Winiszewska G., Chapuis E., Rulliat E., Jimenez D., Granereau G., Barbier S., Heraud C., Gautheron N., Edel-Hermann V., Steinberg Ch., Mateille T. 2021. Legacy of plant-parasitic nematode communities from past ecosystems and shift by recent afforestation. Global Ecology and Conservation 26: 1-14. DOI: 10.1016/j.gecco.2020.e01423
Renčo M., Rybarczyk-Mydłowska K., Flis Ł., Kubicz M., Winiszewska, G. 2021. Morphological and molecular characterisation of Tripylina gorganensis from the Slovak Republic as a contribution to the redescription of the species. Journal of Nematology 53: 1-10. DOI: 10.21307/jofnem-2021-048
Stefanovska T., Skwiercz A., Flis Ł., Pidlisnyuk V., Zouhar M. 2021. First record of the ectoparasitic nematode Amplimerlinius macrurus (Nematoda: Tylenchida) on the perennial grass Miscanthus × giganteus (Angiosperms: Poaceae) in Ukraine. Journal of Nematology 53: 1-7. DOI: 10.21307/jofnem-2021-024
Vu T. T. T., Rybarczyk-Mydłowska K., Susulovsky A., Kubicz M., Flis Ł., Linh L. M., Winiszewska G. 2021. Descriptions of two new and one known species of Parkellus Jairajpuri, Tahseen and Choi, 2001 (Nematoda: Mononchidae) and their phylogenetic position among Mononchida. Journal of Nematology 53: 1-22. DOI: 10.21307/jofnem-2021-076
2020
Dobosz R., Rybarczyk-Mydłowska K., Winiszewska G. 2020. Occurrence of Ditylenchus destructor Thorne, 1945 on a sand dune of the Baltic Sea. Journal of Plant Protection Research 60 (1): 31–40. DOI: 10.24425/jppr.2020.132206
Flis Ł., Kornobis F. W., Kubicz M., Guđmundsson J. 2020. New records of plant parasitic nematodes from Iceland. Polar Biology 43: 1655–1661. DOI:10.1007/s00300-020-02732-0
Krainer L., Susulovsky A., Rybarczyk-Mydłowska K., Kubicz M., Pena-Santiago R. 2020. Morphological and molecular characterisation of one new and one known species of Makatinus Heyns, 1965 (Dorylaimida: Aporcelaimidae) from Ukraine, with new insights into its phylogeny. Nematology 22 (2): 133–146. DOI: 10.1163/15685411-00003290
Winiszewska G., Dobosz R., Malewski T., Skwiercz A. 2020. Description of Pratylenchoides ojcowensis sp. nov. (Nematoda: Merlinidae) from Polish Jurassic Highland. Zootaxa 4742 (1): 117–128. DOI: 10.11646/zootaxa.4742.1.7
Vu Thi Thanh Tam, Winiszewska G. 2020. New record of the genus Parkellus Jairajpuri, Tahseen & Choi, 2001 (Mononchida: Mononchidae) with redescription of Parkellus menzeli male in Vietnam. Academia Journal of Biology 42(2): 29–33. DOI: 10.15625/2615-9023/v42n2.14716
2019
Kamiński M.J., Lumen R., Kubicz M., Steiner Jr. Warren, Kanda K., Iwan D. 2019. Immature stages of beetles representing the ‘Opatrinoid’ clade (Coleoptera: Tenebrionidae): an overview of current knowledge of the larval morphology and some resulting taxonomic notes on Blapstinina. Zoomorphology 138: 349–370. DOI: 10.1007/s00435-019-00443-7
Rybarczyk-Mydłowska K., Dmowska E., Kowalewska K. 2019. Phylogenetic studies on three Helicotylenchus species based on 28S rDNA and mtCOI sequence data. Journal of Nematology 51: e2019-33. DOI: 10.21307/jofnem-2019-033
Skwiercz A., Dobosz R., Flis Ł., Damszel M., Litwińczuk W. 2019. First report of Meloidogyne hapla on Paulownia tomentosa in Poland. Acta Societatis Botanicorum Poloniae 88: 3628. DOI:10.5586/asbp.3628
Wasilewska-Nascimento B., Flis Ł., Winiszewska G. 2019. Porque o tomateiro adoece? – O agente invisível causador de grandes perdas. Expresso das Ilhas 901.
Wasilewska-Nascimento B., Flis Ł., Winiszewska G. 2019. Porque o tomateiro adoece? O agente invisível causador de grandes perdas (II). Expresso das Ilhas 903.
Wasilewska-Nascimento B., Flis Ł., Winiszewska G. 2019. Como proteger tomateiros de nemátodos atacantes?. Expresso das Ilhas 904.
2018
Flis Ł., Dobosz R., Winiszewska G., Rybarczyk-Mydłowska K., Malewski T., Wasilewska-Nascimento B., Silva G. D. 2018. First report of the root-knot nematode Meloidogyne incognita on tomato in Cape Verde. Plant Disease 102(1): 253. DOI: 10.1094/PDIS-07-17-1020-PDN
Flis Ł., Dobosz R., Rybarczyk-Mydłowska K., Wasilewska-Nascimento B., Kubicz M., Winiszewska G. 2018. First report of the lesion nematodes: Pratylenchus brachyurus and Pratylenchus delattrei on tomato (Solanum lycopersicum L.) plants in Cape Verde. Helminthologia 55: 88–94. DOI 10.1515/helm-2017-0053
Vu T. T. T., Hallmann J., Winiszewska G. 2018. Description of a new predatory soil nematode Prionchulus sturhani sp. nov. (Nematoda: Mononchida). Annales Zoologici 68: 403–408. DOI: 10.3161/00034541ANZ2018.68.3.001
Susulovsky A., Winiszewska G. 2017 (2018). Anatonchus siddiqii sp. n. (Nematoda: Mononchida) from Ukraine. International Journal of Nematology 27: 1–6.
2017
Ali N., Tavoillot J., Besnard G., Khadari B., Dmowska E., Winiszewska G., Fossati-Gaschignard O., Ater M., Aďt Hamza M., El Mousadik A., El Oualkadi A., Moukhli A., Essalouh L., El Bakkali A., Chapuis E., Mateille T. 2017. How anthropogenic changes may affect soil-borne parasite diversity? Plant-parasitic nematode communities associated with olive trees in Morocco as a case study. BMC Ecology 17: 4. DOI 10.1186/s12898-016-0113-9
Chałańska A., Bogumił A., Winiszewska G., Kowalewska K., Malewski T. 2017. Morphological and molecular characteristics of foliar nematode attacking silver birch (Betula pendula Roth) in Poland. Helminthologia 54: 250–256. DOI 10.1515/helm-2017-0032
Ilieva-Makulec K., Rybarczyk-Mydłowska K., Winiszewska G., Flis Ł., Tereba A., Kowalewska K., Malewski T. 2017. Morphological and molecular analysis of Paratrichodorus teres (Hooper 1962) (Nematoda: Trichodoridae): a groundwork for discussion on the phylogeny and pathogenicity of Paratrichodorus species. European Journal of Plant Pathology 148: 907–917. DOI 10.1007/s10658-016-1145-x
Skwiercz A.T., Kornobis F. W., Winiszewska G., Przybylska A., Obrępalska-Stęplowska A., Gawlak M., Subbotin S. A. 2017. Ditylenchus laurae sp. n. (Tylenchida: Anguinidae) from Poland – a new species of the D. dipsaci complex associated with a water plant, Potamogeton perfoliatus L. Nematology 19: 197–209. DOI 10.1163/15685411-00003040
Winiszewska G., Dmowska E., Flis Ł., Wiśniewska O. 2017. Materiały do poznania roślinożernych nicieni (Nematoda: Tylenchida) Ojcowskiego Parku Narodowego. Prądnik. Prace i Materiały Muzeum im. Prof. Władysława Szafera 27: 89-92.
Najważniejsze osiągnięcia:
Połączenie w naszych badaniach tradycyjnych metod morfologicznych z nowoczesną mikroskopią i genetyką molekularną pozwoliło na wyjaśnienie filogenezy i ewolucji wybranych grup nicieni a także pozwoliło opisać nowe dla wiedzy gatunki (m.in. z Polski, Słowacji i Wietnamu).
Efektem badań jest także uporządkowanie, zweryfikowanie i uzupełnienie wiedzy o nicieniach roślino- i grzybożernych. Dla części gatunków odnotowano nowe areały występowania oraz szersze - niż znane do tej pory - spektrum roślin żywicielskich oraz środowisk, w których występują. Dotyczy to groźnego szkodnika ziemniaka Ditylenchus destruktor, stwierdzonego wśród korzeni traw porastających wydmy; szkodnika truskawek Aphelenchoides fragariae, żerującego na liściach brzozy brodawkowatej oraz przenoszącego wirusy roślinne Paratrichodorus teres, dla którego nowymi żywicielami okazało się być aż 10 roślin, w tym groszek pachnący, brzoza i jabłoń. Informacje te są punktem odniesienia dla monitorowania rozprzestrzeniania się nicieni roślino- i grzybożernych
Opracowane wspólnie z Pracownią Technik Molekularnych i Biometrycznych sondy molekularne do szybkiej identyfikacji gatunków (min. kwarantannowych lub z wykazu agrofagów niekwarantannowych dla UE), stały się podstawą do uzyskania 29 patentów. Obejmują one zestawy do identyfikacji szkodników drzew i krzewów owocowych, warzyw, grzybów, zbóż i traw, roślin leśnych, motylkowych, ozdobnych i okopowych oraz pojedynczych gatunków nicieni. Pozwalają one zidentyfikować obecność danego gatunku nicienia niezależnie od płci osobnika i stadium rozwoju, co jest szczególnie istotne w przypadku osobników młodocianych, u których cechy diagnostyczne są jeszcze niewykształcone Identyfikacja specyficznych gatunkowo sekwencji genomowych pozwala określić skład gatunkowy fauny nicieni w próbkach środowiskowych.
